Uma das polémicas em relação à construção do Data Center em Sines estava relacionado com a área de construção do projecto, da empresa Start Campus, que apanhava em parte com uma zona protegida do ponto de vista ambiental, o que impossibilitaria de todo o avanço do projeto.

Não só porque o terreno está parcialmente dentro de uma ZEC – Zona Especial de Conservação que integra a Rede Natura 2000, como ainda foram identificados dentro dessa área, três charcos temporários mediterrânicos, que são habitats prioritários que obrigam o Estado português a medidas de conservação especiais.

Um dos mencionados charcos temporários já terá mesmo sido totalmente destruído pelo início das obras da 1ª fase do Data Center, devido à construção do primeiro dos vários módulos do projecto. Se o restante do projecto avançar, os outros dois charcos estão em risco de serem igualmente destruídos

O facto de ser uma zona especial e ter medidas para serem aplicadas na sua protecção, levou o Ministério Público suspeitar da prática dos crimes de corrupção e de tráfico de influências por parte de vários decisores políticos e empresários no sentido de viabilizar o projecto.

Nas escutas da Operação Influencer, há múltiplas referências a tentativas de contornar a proteção ambiental da zona, a partir de uma alegada influência dos administradores da empresa sobre o Governo, o que despoletou toda esta operação.

O decreto regulamentar n.º 1/2020 da presidência do Conselho de Ministros, que classifica como Zonas Especiais de Conservação (ZEC), os Sítios de Importância Comunitária (SIC) do território nacional, operou uma redelimitação da ZEC da Rede Natura 2000, passou a sobrepor-se a terrenos urbanos de uso industrial da zona industrial e logística de Sines.